La pharmacopée officielle contient des méthodes générales d'évaluation chimique et biologique. Cependant, la pharmacognosie utilise également des méthodes beaucoup plus sophistiquées, telles que les méthodes spectroscopiques et chromatographiques.
L'évaluation de la qualité des médicaments du point de vue chimique fournit une forte analyse approfondie, propre à la capacité analytique des instruments utilisés ; en d'autres termes, un médicament est évalué sur la base de la quantité et de la qualité des principes actifs qu'il contient, qui sont déterminants de manière analytiquement précise grâce à des instruments chromatographiques extrêmement précis. Parmi ces techniques chromatographiques on trouve : la chromatographie en phase gazeuse, la chromatographie de masse gazeuse, la HPLC (liquid chromatography on column), la chromatographie échangeuse d'ions et la chromatographie sur plaque (TLC, HPTLC) Ce sont toutes des méthodes qui utilisent le principe chromatographique dans l'évaluation Quantité qualitative du produit chimique substances présentes dans un phytocomplexe Par conséquent, ces instruments nous permettent d'évaluer le médicament en tant que phytocomplexe, la quantité et la qualité des classes chimiques individuelles, leur rapport et la quantité de principe actif caractérisant.
Pour évaluer le phytocomplexe, il est important d'adopter les stratégies les plus appropriées pour son extraction, car il n'y a pas de méthode analytique qui n'ait été précédée d'une "extraction". Des extractions sont nécessaires au technicien-pharmacologue pour évaluer le médicament ou, éventuellement, pour obtenir des éléments « d'utilisation de ce médicament, qui peuvent être directement placés dans l'industrie de la transformation tertiaire. Les méthodes d'extraction permettent d'obtenir les catégories d'ingrédients actifs considérées comme importantes dans la classification qualitative du médicament, ou d'extraire sélectivement une ou plusieurs catégories considérées comme une expression de son activité.
Les principes actifs sont généralement des molécules de glycosides, d'alcaloïdes, de terpènes, d'anthraquinones ; tous les métabolites secondaires qui sont une expression de la biologie relationnelle de l'organisme ; cependant, il existe également des molécules issues du métabolisme primaire d'intérêt pour la santé, comme les glucides (amidon et ses dérivés, cellulose et ses dérivés), les protéines et notamment les enzymes protéolytiques ( papaïne ou bromélaïne).
Avant de procéder à une « extraction des principes actifs d'un médicament, il est nécessaire de considérer la caractérisation chimique - physique du médicament » ; en d'autres termes, avant d'extraire un principe actif il est nécessaire de bien connaître sa nature chimique en terme de polarité, car le processus d'extraction se réduit essentiellement à l'association d'un solvant adéquat au médicament.Ce solvant, étant chimiquement similaire au principe pour être extrait, il l'élimine sélectivement du phytocomplexe restant, plus cette affinité chimique s'accentue, mieux l'extraction se fera ("comme dissout comme"). Il est donc indispensable de connaître, du point de vue phytochimique, le principe à extraire, afin de lui associer le solvant ou mélange de solvants le plus proche.
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