L'inflammation peut être localisée en un point précis de la muqueuse buccale ou impliquer cette dernière de manière étendue et généralisée.
La stomatite peut provoquer différents symptômes, tous localisés dans la cavité buccale : gonflement, rougeur, ulcères buccaux (aphtes) et, dans certains cas, perte de sang. Les signes de stomatite sont associés à une sensation de douleur, qui s'intensifie généralement en mangeant, en parlant ou en se brossant les dents.
En cas de récidive de la stomatite avec une certaine régularité, il convient de réfléchir aux facteurs déclenchants possibles, qui consistent généralement en des intolérances ou allergies alimentaires, des carences nutritionnelles (par exemple : carence en fer, acide folique, vitamine B3) ou dans des conditions de forte tension.